Науково-навчальний центр прикладної інформатики був заснований в 1987 році як «Кафедра інформатики і ОТ» при Інституті кібернетики імені В.М.Глушкова АН України. В 1992 році Центр був реорганізований у НУЦ ПІ НАНУ Постановою Президії НАН України № 220 від 16.07.92 року. Постановою Президії НАН України від 12.07.06 визначено, що науково-методичне керівництво Центром здійснює Відділення інформатики НАН України.
У відповідності з Законом України «Про наукову і науково-технічну діяльність» (Стаття 27, про гарантування науковцю стажування з метою підвищення кваліфікації кожні 5 років) і Статутом Центр нині здійснює навчання аспірантів, підвищення кваліфікації науковців установ та організацій НАН України за актуальними напрямками ефективного використання IT- та Інтернет-технологій в наукових дослідженнях.
Впродовж попередніх років співробітниками Центру була розроблена теорія складності задач розпізнавання та навчання (керівник досліджень – директор Центру в 1987-2003 рр. чл.-кор. НАН України професор д.ф.-м.н. Гупал А.М.), яка викладена в монографії Гупал А.М., Сергиенко И.В. Оптимальные процедуры распознавания (Київ: Наукова думка, 2008). Теорія науково обґрунтовує застосування індуктивних методів математики для аналізу і моделювання експериментальних даних, зокрема, за допомогою марківських моделей з прихованими параметрами. Нині ця теорія набула практичне значення, зокрема, в біоінформатиці (наприклад, для підтвердження правил симетрії, знаходження фундаментальних констант, які характеризують запис генетичної інформації в ДНК), а також застосовується в економіко-математичному моделюванні складних систем. В 2016-2018 рр. Центр виконував наукові дослідження з НДР "Розробка методів розпізнавання та аналізу структур складних об'єктів на основі марківських моделей" (№ державної реєстрації теми 0116U002096, Розпорядження № 769 від 21.12.2015 р. Президії НАН України). Основні результати досліджень, здійснених в останні роки науковцями і викладачами Центру, викладені в монографії Гупал А.М., Сергиенко И.В. "Симметрия в ДНК. Методы распознавания дискретных последовательностей" (Київ, Наукова думка, 2016), в опубліковані наукових статтях, оприлюднені в доповідях на конференціях, впроваджуються в навчальний процес для підготовки майбутніх науковців з числа студентів магістрату Київського національного університету імені Тараса Шевченка і Київського академічного університету. Наукова, навчальна та просвітницька діяльність співробітників та стажерів Центру в 2010-2019 роках відображена в чисельних наукових, науково-методичних та науково-популярних публікаціях (див. перелік публікацій тут). В 2019-2021 рр. Центр задіяний у виконанні НДР "Розробити розподілені методи аналізу текстової інформації та ефективні процедури розпізнавання структур складних об'єктів".
Навчальна і наукова діяльність Центру регламентується Статутом ( див. Статут, який був чинним в 2005-2018 р.р., і оновлений Статут, який затверджено Президією НАН України 31 жовтня 2018 р.). Центр включено до Державного реєстру наукових установ, яким надається підтримка держави (див. Витяг з результатів державної атестації наукових установ при Президії НАН України). Взаємовідносини між адміністрацією і професорсько-викладацьким та науковим колективом Центру регулюються Колективним договором, Додатками до нього (див. Положення про преміювання, Додаткова угода про виплату матеріальної допомоги працівникам НУЦ ПІ НАНУ, інші профспілкові документи НАН України).
Почесна нагорода Київської міської державної адміністрації, якої удостоївся колектив Центру за високий професіоналізм, багаторічну плідну працю, вагомий внесок у розвиток вітчизняної науки, соціально важливу просвітницьку діяльність - виховання юних програмістів секції інформатики Київської Малої академії наук «Дослідник»